在地球的洪荒時代，天地精氣孕集，陰陽交融，有名而自無名始，反正經(jīng)過復(fù)雜到?jīng)]人說得清楚的物理化學(xué)反應(yīng)后，地球上開始生長生命之樹，一級一級地產(chǎn)生各種各樣的生物，擴散于地球的陸地、海洋與天空，使天地之間充滿了生機。終于有一天生命之樹生長到了最頂點，陽氣精華與陰氣精華各自凝結(jié)成為Adam（亞當(dāng)）與Lilith（利利斯），Adam是雄體而Lilith是雌體的最高形式生物。在他們“禁斷的融合”后Lilith產(chǎn)生了一個“Lilith之卵即黑之月”，從中進(jìn)而產(chǎn)生了十八個使徒，其中十七個獲得了生命之果。不知是不是因為生命之樹上生命之果只長著十七個，第十八使徒只能將就獲得了智慧之果，因此A.T.Field的力量微弱，不足以維持一個總形態(tài)，只能分化瓦解以不同的形態(tài)存在著，這就是——人類。生命之樹從此也不再存在，但生命之樹中的“光和水”，即能量與傳輸物質(zhì)，構(gòu)成了人類的靈魂。最后生命之樹只剩下一點點沒爛掉的根根須，成為后世所稱的郎基奴斯長槍。Adam、Lilith及二到十七號使徒均進(jìn)入了休眠狀態(tài)，而仍處蒙昧的人類則各奔前程，其中有一些智者還知道曾經(jīng)發(fā)生過的事情，這些事情被作為傳說寫進(jìn)了死海文書，或許還被寫進(jìn)了山海經(jīng)也說不定的....... 時光飛馳，當(dāng)年的第十八使徒——人類，足跡已經(jīng)遍步地球，憑借智慧發(fā)展出高度發(fā)達(dá)的文明，并以世界的主人自居。然而“心的屏障”使人與人之間產(chǎn)生隔閡，心靈中充滿冷漠與悲哀，孤寂感迫使人類開始尋找新的生存之道......公元1947年，在約旦溪谷的洞窟中，一些吉普賽人偶然發(fā)現(xiàn)了死海文書，震驚了考古學(xué)界。其破譯工作持續(xù)了很多年，終于取得成功。其記載內(nèi)容令人震驚，不但指出人類與使徒的起源，還指出將來某一時刻由Adam與Lilith所生的必將歸還本體，重新生長出生命之樹并產(chǎn)生新形態(tài)的生命體。在這一過程中，人類和使徒，哪一方控制Adam是至關(guān)重要的，因為遺傳因子都從Adam而出（所以Adam也稱作第一使徒、最初的人），控制Adam的一方回歸Lilith之卵后，便可以成為新生命形態(tài)，或者說就是成為神，而失敗的一方只有死亡（贏的一方盡管也得死但靈魂得到拯救呵呵）。因此在這個約定時刻到來之前，使徒一定會蘇醒來與人類為敵，人類要順利完成回歸就必須在此之前消滅全部使徒。

為此目的，秘密組織Seele成立了，它的德文意思是靈魂，以基路議長為首，制訂了人類補完計劃的劇本，或稱時間表，其下屬執(zhí)行機構(gòu)為GEHIRUN（意為大腦），以后改稱為NERV（意為神經(jīng)）。Seele在全世界招收研究人員，其中有一名是在日本京都大學(xué)從事研究工作的女學(xué)生碇唯，在1999年她所寫的研究報告引起了形而上生物學(xué)教授冬月的注意。同時注意她的還有一心要往上爬的六分儀源度，只用了幾個月時間他就把唯泡到手，并由此也進(jìn)入了Seele組織成為第十三位成員（這個數(shù)字注定他是背叛的猶大）。隨著研究的深入，Seele在2000年向南極派遣了葛城考察隊，但其中只有源度一人知道考察的最終目的.......

上帝說，我會回來的，當(dāng)我回來時，我要毀滅這個世界！ 諾亞遵從上帝的旨意建造了方舟，使地球上的生命從大洪水中存活了下來。這次大洪水是上帝的懲罰，被稱為第一次沖擊。從考古學(xué)的角度來說，遠(yuǎn)古確實有過一次毀滅了世界上大部分人口和許多史前文明的大洪水，并留存于世界上各個民族的傳說中。

公元2000年8月，葛城考察隊到達(dá)南極，他們發(fā)現(xiàn)的巨大人形生命體，實際上是Adam與Lilith的融合體。葛城的計劃是攫取或控制Adam與Lilith的S^2機關(guān)，將Adam與Lilith分離并縮小后用于人類未來的補完計劃。但是有件事他不知道，Adam與Lilith無論是融合還是分離都會釋放巨大的爆炸能量和反ATField力，這就與核聚變與核裂變都會產(chǎn)生大爆炸與沖擊波的原理一樣，只是爆炸當(dāng)量不同。所以盡管Adam與Lilith分離所造成的災(zāi)難不會滅亡全部人類，但卻將殺死地球上的一半人口。而十六年后的第三次沖擊是Adam與Lilith的重新融合，整個世界都將再劫難逃了。

一無所知的葛城繼續(xù)他的分離實驗，甚至將自己的女兒也帶在身邊。九月十二日，得到Seele指示的碇源渡攜帶資料離開南極，第二天實驗便以一場大爆炸告終。強大的反ATField力喚醒了第二使徒，即那張模糊的照片上發(fā)出白光的巨人，它張開的巨大翅膀覆蓋了整個南半球，魔鬼般的咆哮聲中南極化為一片血海，巨大的海嘯數(shù)小時內(nèi)就淹沒了大片陸地，使數(shù)以億計的人喪生。在這場末日災(zāi)難中，只有葛城美理被其父親奮力解救逃脫，碇源渡隨后返回南極順便救起了她。但碇源渡的主要目的是回收Adam、Lilith、第二使徒，只有朗基奴斯槍被留了下來（患上失語癥的葛城美理被關(guān)在一艘南極考察船上近兩年，似乎回收工作持續(xù)時間很長）。第二次沖擊引起的連鎖災(zāi)難直到2002年才漸趨平靜下來。地球上的氣候也變得怪異，如日本就變成全年皆夏，無論何時都聽到蟬的叫聲，這恐怕是因為地軸偏轉(zhuǎn)的緣故。

Seele從死海文書中知道第二次沖擊喚醒的不光是第二使徒，實際上所有使徒都已蘇醒，只是它們還需要一段時間來積蓄能量（第二使徒就是因為能量不足而被制服）。Seele經(jīng)過調(diào)查還發(fā)現(xiàn)，沖擊發(fā)生那一天有一個孩子誕生時有奇怪的現(xiàn)象伴隨發(fā)生，這個孩子的名字叫做渚薰，于是連忙將他監(jiān)控起來。這個孩子盡管被教育成非常有修養(yǎng)有魅力的人，但是他時時刻刻都沒有忘記自己的真實身份與誕生目的，那是他自由與死亡的宿命.......... 亞當(dāng)問上帝，為什么世間萬物獨有我如此孤獨？于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。 公元1997年2月23日，生物進(jìn)化史上第一只體細(xì)胞無性克隆哺乳動物多莉羊誕生。